Blandt de truede pattedyr bosat i Florida Keys er de ikoniske søkøer . Nogle af de største hvaler i verden også besøge , herunder sæd , blå og finner hvaler, som alle er truede . Mindre truede pattedyr omfatter Key Largo bomuld mus , Key Largo træ rotter og Lower Keys marsk kanin. Den største trussel mod disse mindre dyr , og den primære grund til de er truede , er ødelæggelse af levesteder . Urbaniseringen af Florida Keys har ikke været godt for endemiske dyreliv. Indført dyr , især katte, er en anden alvorlig trussel .
Fugle
Florida Keys er en vigtig fodring og grobund for hundredvis af arter af vandfugle , herunder truede eller truede arter, såsom træ stork og rosetten tern . Det er også hjemsted for en række truede rovfugle såsom den sydøstlige amerikanske tårnfalk og arktisk vandrefalk og mindre fugle , herunder truede Bachman er sanger .
Fish
vådområderne.Cornell har også truede fisk. I Florida Keys disse omfatter Key yderlår og Key blenny , som begge findes ingen andre steder . Truslerne mod fisk svarer til de trusler mod andre dyr , med ødelæggelse af levesteder er muligvis den største trussel . Fisk er også meget følsomme over for vandforurening .
Reptiler
Fem af de syv arter af havskildpadde bebor Florida Keys , herunder kritisk truede Hawksbill , Kemps Ridley og læderskildpadder . Andre truede krybdyr omfatter mange arter af firben og slange , såsom Key muldvarp skink og den østlige indigo slange , den amerikanske alligator og Key mudder skildpadde.
Hvirvelløse
mindre indlysende end de store hvirveldyr , hvirvelløse dyr er en vigtig del af enhver økosystemet og sårbare over for stort set de samme trusler . Arter vides at være truet i denne naturtype omfatter bløddyr såsom Stock Island træet snegl , insekter som Schuas ' svalehale sommerfugl og vandorganismer såsom koraller.