Mikrofossiler af de første bakterier skønnes at blive 3,5 milliarder år gammelt - en imponerende præstation , overvejer at den første faste klipper er kun 3800 tusind år gamle. Resterne af mikroorganismer ligner nutidens bakterier findes i flint , en form for gammel silica bjergart depositum findes i dele af Ontario og Minnesota.
Bevis for bakteriel liv i massevis er til rådighed i form af stromatolites , afrundede sten -lignende tilbygninger dannes når filmagtige bakteriekolonier vokser på taget af deres forfædre . Stromatolites er almindelige i prækambriske fossile aflejringer og kan lejlighedsvis blive løst ned til niveauet for de enkelte forstenede bakterier. Stromatolites blev fortrængt af mere avancerede mikrober omkring en milliard år siden.