Agarosegelelektroforese adskiller DNA-molekyler er baseret på størrelsen af de fragmenter , der er indeholdt i prøven. Små huller i toppen af gelen , kaldet " brønde " er fyldt med den væske, der indeholder DNA, der skal undersøges. Denne ende af gelen er placeret ved anoden , eller negativt ladede elektrisk kilde.
Små fragmenter
DNA-fragmenter drages mod katoden , eller positivt opladet elektrisk kilde . Som molekylerne migrerer gennem agarosegel , begynder de at adskille efter størrelse. De mindste fragmenter af DNA er dem af den laveste molekylevægt ; disse fragmenter er de hurtigste til at migrere mod katode enden af gelen .
større fragmenter
Som fragmenter af DNA bliver større og har højere molekylvægte , de er langsommere til at bevæge sig gennem agarosegelen mod katoden ; derfor er de største fragmenter af DNA fundet nær anode ende af gelen , mens de mindste fragmenter af DNA er fundet nær katode enden.
Visualisering
DNA fragmenter kan visualiseres under en ultraviolet lyskilde ved farvning dem med en særlig kemisk kaldet ethidiumbromid. Når de udsættes for UV- lys , fragmenteret DNA vises i en stige dannelse, med de tungeste og største fragmenter af DNA i toppen af stigen og de letteste , mindste DNA-fragmenter i bunden af stigen.